Walkowski ist seit 2007 Ehrenpräsident des Kanu-Verbandes NRW. Er engagierte sich im Kanusport zunächst als Jugendwart und Wandersportwart. Dieses Engagement setzte er als Vereinsvorsitzender und auf Bezirks- und Verbandsebene fort. In 30 Jahren Vorstandsarbeit im Kanu-Verband NRW, insbesondere während seiner rund 16 Jahre dauernden Präsidentschaft, galt seine Aufmerksamkeit insbesondere der Sportstättensicherung für Kanusportler unter Berücksichtigung des Naturschutzes. Im Jahr 2001 übernahm Walkowski zudem die Vizepräsidentschaft für Verbandsentwicklung im Deutschen Kanu-Verband.
Franz-Peter Walkowski wurde mehrfach geehrt, so mit dem Goldabzeichen der Internationalen Canoe Federation, der Ehrenplakette des Stadtsportbundes Münster, der Ehrennadel sowie der Sportehrennadel in Gold des Kanu-Verbandes NRW und des Deutschen Kanu-Verbandes sowie dem Ehrenbrief des Bayerischen Kanu-Verbandes.